Os estuários situam-se na interface de três meios distintos - o meio marinho, o meio dulçaquícola e o meio terrestre – dos quais recebem diferentes tipos de materiais e de energia. Através da comunicação com o mar, propaga-se a onda de maré e entram e saem animais e vegetais. Dos rios recebem água doce, a qual dilui a água do mar e cria condições únicas para o biota destes ecossistemas, bem como organismos dulçaquícolas. De terra, através das escorrências que fluem para a bacia hidrográfica que lhes está associada, recebem nutrientes, sedimentos e poluentes. Apesar da turbidez usual das suas águas, sua baixa profundidade faz com que grandes porções estejam bem iluminadas. Estas fontes de materiais e de energia são responsáveis pela alta produtividade relativa destes ecossistemas, a mais alta de entre todos os ecossistemas marinhos.