Os habitats de transição estão localizados na zona sob influência das marés, estão sujeitos quer às condições de agitação marítima, quer a variações no teor de salinidade das águas, como acontece na foz dos rios, que podem ser do tipo estuário, delta, ria, laguna. São sistemas vulneráveis, de elevada biodiversidade e muito dinâmicos devido à influência da orla costeira e do escoamento fluvial.

Na maioria dos troços terminais dos rios portugueses, independentemente do tipo de foz, as marés tem uma amplitude considerável, sendo extensa a área que fica descoberta na baixa-mar, o que implica que animais e algas flutuantes, que não toleram períodos prolongados de emersão, procurem abrigo em zonas mais profundas do estuário, voltando a entrar durante a preia-mar. Os restantes seres vivos ficam enterrados ou em cima de lodos ou areias durante a baixa-mar.

As faixas marginais, constituídas por lodo e areias, sujeitas ao regime das marés, denominam-se sapais, e são colonizados a partir de terra firme, por vegetação halófita, vegetação com a particularidade de suportar o encharcamento do solo e a salinidade das águas.

Muitas vezes associados aos sapais encontram-se complexos de salinas.